熒光顯微鏡根據襯度形成的機制，對散射吸收像可以有兩種成像方式：

明場成像法：選用單一透射束形成的衍射襯度像，亮背景上的暗圖形像，像清晰。物鏡光闌的孔越小，明場像的襯度越大。

暗場成像法：選用單一衍射束形成的衍射襯度像，暗背景上的亮圖形像，像有畸變。這種暗場成像法可以提高圖像的襯度。

熒光顯微鏡濾色片的選用：

濾色片是熒光顯微鏡的關鍵部件, 在熒光顯微鏡中按其功能可分為激發濾色片和截止濾色片兩類。激發濾色片的功能是從光源中分析出所需的特定光譜, 以激發標本產生熒光。截止濾色片的功能是僅把標本上發出的熒光透過成像, 而將其它光阻擋不參與成像, 一般激發濾色片安置在緊靠光源, 而截止濾色片在物鏡與目鏡之間。

目前使用較多的濾色片是色玻璃和干涉濾色片, 色玻璃大都屬寬波帶濾色片, 透過波段寬, 透過率隨厚度而降低, 價格相對低廉。由于色玻璃與空氣的界面上, 約有4%光線被反射掉, 玻片愈多, 光能損失愈大, 限制了它的使用性能。干涉濾色片的出現, 可按需要制成能透過或截止一定波段的濾色片, 從而促使熒光顯微術的進展, 現代技術上已能對某波段的透射率或反射率進行控制。

熒光顯微鏡根據結構組成部分可以分成兩種不同類型的熒光顯微鏡：

透射式熒光顯微鏡，它和普通光學顯微鏡類似，光源是從鏡座出發經過聚光鏡到達樣品激發熒光后通過物鏡，到達目鏡。

落射式熒光顯微鏡，也是常見的熒光顯微鏡，它的光源是通過物鏡落到樣品上，激發熒光以后再發射回物鏡，到達目鏡。

透射式熒光顯微鏡和落射式熒光顯微鏡，它們的光源都要經過激發濾色鏡過，濾掉一部分的可見光，但是它們的光源來源相反，透射式熒光顯微鏡光源來源于下方，而落射式熒光顯微鏡則是上方，具有分光鏡的功能，可以觀察透明和不透明的被檢物體，突破透射式熒光顯微鏡的局限性，因此隨著技術不斷進步，落射式熒光顯微鏡逐漸替代落射式熒光顯微鏡。