倒置熒光顯微鏡是利用一個高發光效率的點光源，經過濾色系統發出一定波長的光作為激發光、激發標本內的熒光物質發射出各種不同顏色的熒光后，再通過物鏡和目鏡的放大進行觀察。這樣在強烈的對襯背景下，即使熒光很微弱也易辨認，敏感性高，主要用于細胞結構和功能以及化學成分等的研究。

倒置熒光顯微鏡的作用有兩個：一是吸收和阻擋激發光進入目鏡、以免干擾熒光和損傷眼睛；二是選擇并讓特異的熒光透過，表現出專一的熒光色彩。兩種濾光片要配合使用。

倒置熒光顯微鏡就其光路來分有兩種

①透射式熒光顯微鏡。激發光源是通過聚光鏡穿過標本材料來激發熒光的。常用暗視野集光器，也可用普通集光器，調節反光鏡使激發光轉射和旁射到標本上.這是比較舊式的熒光顯微鏡。其優點是低倍鏡時熒光強，而缺點是隨放大倍數增加其熒光減弱.所以對觀察較大的標本材料較好。

②落射式熒光顯微鏡。這是近代發展起來的新式熒光顯微鏡，與上面不同處是激發光從物鏡向下落射到標本表面，即用同一物鏡作為照明聚光器和收集熒光的物鏡。光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45度角，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。此種熒光顯微鏡的優點是視野照明均勻，成像清晰，放大倍數愈大熒光愈強。

倒置熒光顯微鏡使用方法

①打開燈源，超高壓汞燈要預熱幾分鐘才能達到很亮點。

②透射式熒光顯微鏡需在燈源與聚光器之間裝上所要求的激發濾片，在物鏡的后面裝上相應的阻斷濾片。落射式熒光顯微鏡需在光路的插槽中插入所要求的激發濾片/雙色束分離器/阻斷濾片的插塊。

③用低倍鏡觀察，根據不同型號熒光顯微鏡的調節裝置，調整光源中心，使其位于整個照明光斑的中央。

④放置標本片，調焦后即可觀察。使用中應注意：末裝濾光片不要用眼直接觀察，以免引起眼的損傷;用油鏡觀察標本時，要用無熒光的特殊油鏡;高壓汞燈關閉后不能立即重新打開，需經5分鐘后才能再啟動，否則會不穩定，影響汞燈壽命。