在這里通常所說的熒光顯微鏡則是從光學顯微鏡的基礎上進行發展而來的，與普通的光學顯微鏡的主要區別則就是熒光顯微鏡通常是使用超高的壓汞燈作為光源的。

這樣能夠提供帶有光照明并通過特殊的投射方式進行照射到樣品標本表面上，由于產生的熒光顯微鏡熒光是非常弱的，所以熒光顯微鏡物鏡就需要足夠大的數值孔徑。才能夠得到所有的熒光顯微鏡熒光，這就是說因此在使用熒光顯微鏡物鏡的數值孔徑大于普通的顯微鏡數值孔徑。在條件相同的情況下，熒光顯微鏡的分辨率則會高于光學顯微鏡，同時熒光顯微鏡上面有一個特殊的濾色系統，分別是激發濾色系統與熒光接收系統。