熒光顯微鏡很關鍵的問題是濾光片的組合，激發濾光片與屏蔽濾片都要適合于被觀察的熒光體并相互匹配。對一些特定用途，選擇濾光片若有錯誤，有可能產生誤解，甚至錯誤的結果。熒光顯微技術的成就和高質量濾光片及巧妙配用濾光片組是不可分隔的，熒光顯微鏡的濾光片種類有以下幾種。

①吸熱濾光片

吸熱濾光片是防止光源光譜中的熱輻射線損傷光具組所必需的濾光片。較早的高配置顯微鏡配備有可裝蒸餾水的鼓形瓶充當吸熱裝置，現代各類大型研究用的顯微鏡在光源燈箱或叫燈室中都裝有玻璃吸熱濾光片，這是一種透明的微帶黃色的玻璃片，Leitz公司的KG1(2mm)、BG38(4mm)濾光片能夠通透近乎所有紫外光和可視光光譜，是通光量可達98%的濾光片。它只選擇性吸收紅外光熱輻射線。

②激發濾光片

激發濾光片可以選擇性吸收長波譜線而只通透紫外線，紫色、藍色和綠色光線的濾光片為激發濾光片。Zeiss公司、Reichert公司、Olympus公司的B系列、G系列、BG系列，Shott公司的UG系列，Opton公司的H、G、BP系列，Leitz公司的BP系列等濾光片均屬激發濾光片。

③阻擋濾光片

阻擋濾光片是選擇性吸收短波譜線和紅外線而通透較長波可視線的濾光片，其功能是使觀察者能夠看到被檢物體所激發出來的熒光，同時保護觀察者的角膜免遭紫外線傷害。

④色光分離濾光片

色光分離濾光片是將激發光反射到被檢物體上，使被檢物體激發出熒光，再將熒光透射到目鏡的濾光反射鏡。這類濾光片只能用于落射光聚光器中，而透射光熒光顯微鏡不需要色光分離。

⑤干涉濾光片

干涉濾光片是高性能激發濾光片的一種。它是將數張薄層金屬膜疊放在拋光的兩張玻璃片之間制成的濾光片。每張薄金屬膜的折光系數都不相同，因此照明光源的各種不同波長的譜線在每張金屬薄膜上反復進行反射，使得某些波長的譜線因相消干涉而抵消，另一些波長的譜線相加干涉而得以加強，并透射過去，這樣得到透射波譜很窄、半波峰寬度只有6~20nm.透光度可達到60%~70%的濾光片。