倒置熒光顯微鏡主要用于細胞等活體組織的熒光、相襯觀察。

倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察需要而被研制出來的。

由于這些活體被檢物體均放置在培養皿(或培養瓶)中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。

因此，顯微鏡的物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為"倒置顯微鏡"。倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察，在倒置顯微鏡的基礎上添加一套熒光附件：激光激發塊，熒光光源，熒光照明器，激發塊切換裝置，即可進行倒置熒光觀察。這樣一來倒置熒光顯微鏡就誕生了。

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